陕甘才平息了一年的叛乱又死灰复燃，而且还捎带上了整个新疆，这个事情无疑响亮得打了皇太后一个耳光，虽然连带着军机处也不得不上请罪的折子，但是，军务一事，素来是军机处插不上什么手的，太后一心念念要让天下太平彰显圣天子在位而要海清河晏，又成了一段不小的笑话。

兵部陈孚恩的弹劾奏折堆满了整个内奏事处，不仅是清流们的勃然大怒，就连军机处的人也提议要给陈孚恩予以严惩，自然，不能说到是太后的失误，那自然是手下人的错误了，除了陈孚恩，还有僧格林沁、武云迪、荣禄，捎带着醇郡王也附带上了，御史张谦和弹劾醇郡王“不通军事，肆意妄为，邀功自赏。”气的醇郡王在府里一连摔了好几个乾隆的粉彩茶盏，大骂这些不干活只是指手画脚的御史“不当人子”。

如此准备平叛事宜，又过了几日，恭亲王郑重得在勤政殿提了出来：“陈孚恩虽然当差得力，可这样大的差错，不能没有训斥，还请太后定夺。”

军机处的意思是免了陈孚恩的兵部尚书，只保留文华殿大学士的虚衔，太后自然不允，此例一开，军中岂不是人人自危？赏了就是赏了，自然不能再夺，那负责后勤的陈孚恩受了罚，在前线打仗的僧格林沁、武云迪、荣禄等人怎么处置？那他们的位置就尴尬了许多，再三讨论，太后更是让出了交通部两个满侍郎的位置，这才把陈孚恩的处罚改为罚俸半年，明发旨意训诫。

“这阿古柏是怎么一回事？”太后问道，“这个人是哪里冒出来的？”

阿古柏（阿古柏的真正名字叫穆罕默德?亚库甫，父名叫阿由甫，生于塔什干南面皮斯坎提乡。其父是塔吉克人，其母是火尖地方人。阿古柏自幼父母双亡，在其叔父手里抚育长大。他最初在伯克手下当差，以后逐渐提升为百户长，以后又在阿合买齐提（即今之克孜力勿尔达）充任行政长官。一八六四年（他年四十五岁时）由浩罕汗阿力木库里派他和布素鲁克和卓一同前来喀什。）和布素鲁克和卓一道来到喀什之后，名义上把布素鲁克和卓奉举为汗王，但是所有的权利都掌握在阿古柏手里。阿古柏将和他一道来的亲信的人派去担任军政负责职位，使用贿买当地伯克或派人暗杀的手段，一天比一天巩固了他自己的地位。阿古柏遂于同治六年宣布自己为哲德莎尔（哲德莎尔意为七城，包括天山南麓喀什噶尔、和阗、阿克苏、库车、莎车、叶尔羌、吐鲁番等城。）独立政权的国王。